隨著多色流式細胞儀的出現，新熒光染料和標記抗體也得到了長足發(fā)展。然而熒光染料的發(fā)射光譜并不是與流式細胞儀的檢測通道**對應的。在大多數情況下，一種染料的發(fā)射光譜常常會橫跨多個檢測通道，這樣會造成其它通道的信號造成干擾。并且不同蛋白的表達水平、染料的亮度都各不相同，如果染料搭配不合理，可能會對數據分析造成巨大困擾，甚至會因數據完全無法分析而導致實驗失敗。針對每個多色流式檢測實驗，設計合理的顏色搭配，會大大提高實驗效率。雖然為實驗中所需抗體選擇*佳的熒光染料組合是一個復雜的過程。
熒光染料的亮度可以用來比較不同熒光染料的熒光標記效果，通過陰性細胞群與陽性細胞群的熒光信號之間的關系來表示。但是陰性細胞群的熒光信號受到信號強度、自發(fā)熒光、非特異性染色、儀器的電子噪聲等多個因素相關。為了避免這些不易控制的因素干擾對熒光染料亮度的判斷，科學家們提出了染色指數（Stain Index）的概念。
染色指數定義為陽性細胞群的平均熒光強度與陰性細胞群的平均熒光強度之差與陰性細胞群熒光強度標準差之間比值的一半。染色系數只和抗體克隆與質量、熒光團純度與質量、熒光修飾比、激光線及其功率、長通和帶通濾光片、目的細胞等因素相關。總體來說，染色指數與熒光染料的亮度呈正相關，即熒光染料亮度越高，其染色系數越高，反之亦然。
因此，通過染色指數可以看出常見的熒光染料的強度：PE > APC > FITC > PerCP。